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研究lncRNA功能的新方法

阅读:818发布时间:2014-9-11

 

长非编码RNAlncRNA)是长达两百个核苷酸以上的转录本。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质,但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性,这说明lncRNA具有重要的生物学意义。细胞中绝大多数lncRNA位于细胞核,它们对应的DNA区域有的与蛋白编码基因重叠,有的位于基因间或者内含子中。

只有在结构域的水平上进行研究,才能够深入理解lncRNA的功能。问题是人们一直没有找到合适的方法。

研究人员首先设计了*化的反义寡核苷酸池,来靶标lncRNA的特定结构域。随后,他们通过交联保护了细胞中的lncRNA互作,并利用超声处理可lncRNA片段化,形成结构域大小的片段。(延伸阅读:从互作揭开lncRNA的秘密)

研究人员将*化的寡核苷酸添加到不同的染色质样本中,使它们发生杂交。zui后通过链霉亲和素磁珠,将lncRNA结构域连同它的互作搭档一起纯化出来。对这些纯化产物进行分析(WB、逆转录定量PCR、定量PCR或者测序),就可以鉴定RNA-蛋白、RNA-RNARNA-染色质的互作。

研究团队使用dChIRP技术研究了一种称为roX1lncRNA,这是雄性果蝇剂量补偿效应所需的lncRNA。雄性果蝇只有一个X染色体,其上的基因会出现加倍表达,这种现象就称为剂量补偿效应。这项研究揭示了roX1功能域的组成结构,向人们展示了由三个不同结构域组成的三指手掌结构。其中的三个指状结构域负责与染色质互作,是功能独立的RNA亚单位。

 


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