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测定玉米蛇基因组序列

时间:2015-12-11阅读:1338
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在现有的5000种哺乳动物中,有超过100种已经进行了基因组测序,但是,只有9种爬行动物(在10000个物种当中)的基因组对科学界来说是可用的。zui近,瑞士日内瓦大学(UNIGE)的一个研究小组,构建了一个大的数据库,其中就包括一种爬行动物——玉米蛇的新基因组测序,这种蛇越来越多地被用来了解爬行动物的进化。。

基因组学可以让我们更好地探讨生命世界的演化。事实上,描述每一个基因的功能,可让我们能够了解蛇如何失去肢体,或者各种皮肤色彩如何演变。不幸的是,爬行动物很少出现在基因组大数据库中。鉴于此,研究人员构建了一个数据库,包括来自主要爬行动物演化谱系的基因组序列,该数据库称为Reptilian Transcriptomes Database 2.0 研究人员们的目标是,通过对来自几个爬行动物物种的所有基因进行测序,产生很大一部分的缺失数据。为了达到这个目标,我们使用表达zui大数目基因的组织,如大脑和肾脏。其他多个研究团队也产生了测序数据,但每一个研究小都用不同的方法进行数据分析,从而使爬行动物基因组进化的研究变得非常困难。因此,研究人员工作的另一部分,是收集这些数据并开发一种生物信息学方法,来产生一个统一的数据库,可让研究人员自由访问和定期更新。这一工具对于世界各地致力于脊椎动物(特别是爬行动物)发育和进化的研究人员,将是非常有用的。

玉米蛇,一种新的模式生物

基因组测序是一项巨大的任务。它需要确定被研究动物的全基因组序列,对应于玉米蛇的20亿个核苷酸。DNA包含四个基本的分子(核苷酸)——ACGT,通过配对组装(ATCG),并构成了每个基因的序列。要分析基因组,研究人员必须读取100250个核苷酸的DNA短片段,然后再组装以重建形成每个染色体的巨大链。

如今,科学家们可以进行这样的组装,建立约一百万个核苷酸的片段。研究人员们的目的是要获得一个人们可以依赖的真正的爬行动物基因组模型。在这里,我们覆盖了蛇全基因组大小的大约85%。还有很多额外的工作要做,因为,为了获得与人类基因组质量相似的测序,我们需要组装的染色体,可能形成2亿多个核苷酸。对于研究爬行动物的发育和进化来说,玉米蛇是非常的,因为它很容易繁育,它是卵生的,并且是无毒的。本物种也可用于研究遗传决定论和皮肤颜色的演化,对于那些以自然栖息地作为伪装的动物,这尤为重要。研究人员很高兴地宣布,玉米蛇也是有限的模型物种组中的一个成员,可允许研究人员更好地了解造成物种进化多样性和复杂性的生物和物理机制。

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