处理样品主要是指对切片作正确的染色。虽然染色的方法基本上有一个规范的程序，但进行图像分析的时候，根据分析目标对染色方法作适当的优化能让分析测量更加方便准确。

在免疫组化切片染色时，由于要分析比较染色深浅，所以在制片时就要强调以同样条件制作所有的组织切片。曾经遇到一位，在染色时，遇到阴性样品就有意延长一下显色时间，让片子黄一点，结果是阴性结果的光密度测量数值与阳性样品一样大。

如果要分析细胞核，就得特别注意苏木青蓝染的深浅要适当，一般情况下，浅浅的蓝色只能标记出细胞核的位置，明显的蓝色才适合于进行细胞核尺寸的测量或对细胞进行计数。而在进行细胞核上蛋白的免疫组化分析时，过浅的蓝染会导致细胞核选择困难，过深的蓝染则会掩盖免疫组化产物的颜色。

关于荧光免疫组化的染色就更复杂了，单染色的样品要注意样品荧光与背景荧光的对比度要足够高。双染色的样品还要注意两种染料的荧光强度应当适配，不要一种颜色的荧光特别强，另一种特别弱。zui常见的是红色荧光特别亮，而FITC的绿色却很弱。结果是在拍摄时绿色的荧光实际上是红色荧光图像的绿色分量。

拍摄样品时影响的因素更多，更容易出错。

在拍摄大体物品时要特别注意背景与物体之间的对比。在拍摄离体组织器官时，把组织块放在干净的白纸或黑纸上以保证组织图像与背景之间有清晰的分界线，在两侧各用灯光照明以避免留下影子。在缺乏照明条件的时候，也可以选择在室外背光处拍摄，既有足够的照明也能避免明显的阴影。

一般的组织切片只要正确选择视野并拍摄清楚就行了。而免疫组化的样品却额外要注意拍摄时的曝光：以同样的曝光条件拍摄样品。特别是荧光，一个对照组的弱荧光样品，就应该拍摄得光强较弱，阴性的甚至拍摄出一张黑照片。如果有意延长弱样品的曝光，照片虽然漂亮，但其表现的光密度就与阳性样的强荧光差不多了。所以在我介绍免疫组化样品的分析方法之前，都是先强调如何拍摄样品。

在使用倒置显微镜拍摄活细胞的时候，很多人并未注意到在显微镜上方的灯光筒下边有一个长方形可推移的板，上面有三四个大小不一的园孔，这几个孔的位置是与物镜的选择有关的。高倍镜要使用小孔，低倍镜用大点的孔。选择不对的时候，观察图像的反差不好。

拍摄彩色照片的时候，相机色彩也是常被忽视的。zui常见的是拍摄的照片色彩偏蓝。这对分析免疫组化图片的影响非常大。偏蓝的照片不仅降低了黄色深色的深浅程度，而且会使较浅的黄色变成了白色甚至浅蓝色。