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Western Blot实验中内参抗体选择

时间:2020-4-22阅读:3123

WB内参抗体选择指南

内参是什么?

内参是一种特异识别高表达或普遍表达蛋白的抗体,在western blot中用于校正蛋白水平。

什么情况下需要用内参抗体?
1. 定量比较:对比不同点样孔间信号的时候,内参是必须的。只有各孔间内参的表达量相同,目标蛋白表达量的变化才是可信的。
2. 上样和转移确认:内参可以确认是否所有的样品都加入及各孔间的转移量是否相等。通过分析内参信号可以确定蛋白从胶转移到膜上是否均一。
3. 研究发表:大部分杂志要求做WB实验时提供内参数据,来确保实验样本中差异表达量是可信的。内参可以校正各孔间目的蛋白的表达量。

在内参抗体的选择过程中一般遵循以下原则:

首先要考虑的就是实验样本来源于什么物种。
1、哺乳动物的组织或者细胞样本,通常选择β-actin、β-tubulin、GAPDH、Lamin B、Histone H3、Na,K -ATPase等。
2、植物来源实验样本,则可以选择plant actin、Rubisco等。
3、其他来源样本研究较少,所以就应该参照文献报导,选择合适的蛋白作为内参。

蛋白分子量
选择内参抗体时,应该考虑目的蛋白分子量的大小。通常应该保证目的蛋白与内参蛋白分子量相差5KD以上。比如目的蛋白分子45KD,此时不适宜选择β-actin作为内参,可以考虑选择GAPDH或者β-tubulin作为内参。

目的蛋白表达部位
就一般的蛋白检测来说,β-actin、β-Tubulin抗体等就可以了,而针对于核蛋白的定量,特别是样本蛋白就是核蛋白时,选择恰当的核蛋白内参则更能体现内部参照的价值。
常用的核内参抗体有Lamin A、Lamin B、Histone H3,除此之外,其它常见的核蛋白内参还有PCNA、K70、K80等,在一些文献报道中,Erk2、TATA binding protein(TBP)以及c-Jun、c-Fos等都有使用。
而对于膜蛋白检测,常用的内参抗体为Na,K ATPase。
对于线粒体蛋白的检测,常用VDAC1和COX IV作为内参抗体。
以上几条原则只是针对通常情况,但是需要注意的问题是——内参的选择需要考虑实际的实验环境。
比如某些细胞中,由于组织缺氧、糖尿病等因素会导致GAPDH的表达增高,不适合做内参。
比如在涉及细胞增殖相关试验中,c-Jun由于自身表达变化就不适合做内参;而在凋亡实验时,TBP、Lamin等也不适合作为内参。
因此设计实验方案的时候应该考虑这些因素并查询相应文献,在实验过程中也应该注意如果内参表达出现异常,应考虑这方面因素。

 

常见内参:

 

亚细胞定位内参MW(kDa)注意事项
胞浆/全细胞Alpha-tubulin55可能不适合关于大年龄差的研究课题[2];Tubulin的表达受抗癌和抗真菌药物的影响。
Beta-actin43因β-actin是染色质重塑复合体里面的组分,所以不适用于核提取物[1];可能不适合关于大年龄差的研究课题[2]。
GAPDH37因组织缺氧会上调GAPDH的表达,所以不适合做与氧有关的研究[3];可能不适合关于大年龄差的研究课题[2]。
Cyclophilin B21 
线粒体HSP6060 
COX IV17很多蛋白质的分子量在15-17kDa之间,因此,如果目的蛋白大小和COX 4接近的话就有必要考虑用其他的内参抗体。
细胞核Lamin B166不适合于胚胎干细胞[4]。
HDAC60 
PCNA29不适合作为非增殖细胞的内参。
Histone H317很多蛋白质的分子量在15-17kDa之间,因此,如果目的蛋白大小和Histone H3接近的话就有必要考虑用其他的内参抗体。
血清Transferrin77Transferrin水平会受某些疾病状态和某些处理如视黄酸的影响。

 

 

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