紫外线消毒器即253.7nm波段处有强的吸收峰，当核酸吸收紫外线到达必定剂量时，脱氧核糖核酸（DNA）会发生变异，然后引起微生物体内蛋白质和酶的合成妨碍；另一方面，由紫外线诱发产生的自由基会引起光电离，紫外线消毒器然后导致细胞。
而且UVC辐射的灭活作用具有"累加"效应，即当一次辐射不能杀死微生物时，能够通过多次辐射来完成，紫外线消毒的优点是紫外线处理不会引起健康、安全或环境方面的争议，紫外线消毒器杀菌消毒不会造成二次污染，具有高效的杀菌作用，杀菌作用安稳可靠，而且装置、操作简略。
所以在船舶压载水杀菌消毒体系中得到了普遍的使用，处理办法为过滤和紫外线辐照结合法，压载水首要通过过滤器除掉50μm以上的生物和颗粒，然后流入紫外线消毒器杀菌消毒。
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